بخش عمده ای از بازی در سال ۱۷۱۵ و در عصر طلایی دزدان دریایی اتفاق می افتد. در این شماره بازیکنان نقش یک دزد دریایی و عضوی از فرقه اساسین ها به نام Edward Kenway را ایفاد میکنند که در واقع همان پدربزرگ کانر ( شخصیت اصلی نسخه سوم ) است. داستان بازی از آنجا شروع می شود که پس از خاتمه یافتن جنگ در میان امپراتوری های اروپایی و بیکار شدن گروهی از کارمندان نیروی دریایی، عده ی زیادی از آنها من جمله Edward برای به دست آوردن پول و ثروت، همسران و خانواده های خود را ترک کرده و راهی آب های کارائیب می شوند و به گروه دزدان دریایی می پیوندند. Edward در طول این مسیر با حوادث و افراد زیادی رو برو خواهد شد که مسیر و اهداف زندگی او را تغییر می دهند.
بازی از لحاظ زمانی به دو بخش مجزا تقسیم شود: یکی زمان حال و دیگری زمان گذشته با محوریت Edward Kenway. حوادث بازی در ۳ شهر اصلی به نام های Hawana، Kingston و Nassau به وقوع می پیوندد و در همین راستا بازیکن می تواند به صورت آزادانه به گشت و گذار در این شهرها بپردازد. در کنار این ۳ شهر بیش از ۵۰ نقاط دیگر نیز در سرتاسر محیط عظیم بازی وجود دارد که هر یک ویژگی های منحصر به فرد خود را دارند.
